חברה מפרה היא חברה שלא שילמה את האגרה השנתית לרשם החברות, או שלא הגישה דוחות שנתיים, ורשם החברות קובע עקב כך שהיא כזו, ורושם הערה על ההפרה במרשם המתנהל אצלו. בטרם נרשמת הערה שכזו במרשם החברות שולח רשם החברות התראה לחברה שלא קיימה חובה המוטלת עליה, ונותן לה אפשרות לתקן את ההפרה בתוך 30 ימים. לא תתוקן ההפרה בתוך 30 ימים תרשם החברה כחברה מפרה.
נרשמה החברה כחברה מפרה רשאי רשם החברות, בין השאר, לרשום עליה שעבוד או לסרב לרשום שעבוד על נכסי החברה במרשם אצלו, הוא רשאי לסרב לרשום חברה חדשה שבעל מניות מהותי או דירקטור בה הנם בעלי מניות מהותיים בחברה המפרה, או דירקטורים בחברה המפרה שהוטל עליהם עיצום כספי שאותו לא שילמו (בעל מניות מהותי לענין זה – בעל מחצית מהמניות בחברה המפרה), וכן הוא רשאי להטיל עליה עיצומים נוספים הקבועים בחוק. נרשמה חברה כחברה מפרה, רשאי גם רשם המשכונות לסרב לרשום משכון לטובתה, או לסרב לשנות רישום משכון כאמור.
אם לאחר רישום החברה כחברה מפרה היא תיקנה את ההפרה – ימחק רשם החברות את ההערה על היותה חברה מפרה ממרשמיו, אך אם מדובר במספר הפרות – לא תמחק ההערה עד אשר יתוקנו כל ההפרות.